.انجام تمهيدات لازم به منظور اعمال مديريت صيد و مقررات مربوط به آن، حفاظت منابع، بازسازي ذخاير، بهسازي محيط زيست آبزيان و آبزي­دار كردن اقتصادي آبهاي تحت حاكميت و صلاحيت جمهوري اسلامي ايران.

2.سياست­گذاري، تعيين راهبردها، تدوين برنامه­ها و راهكارهاي اجرايي توسعه فعاليت­هاي سازمان در چارچوب برنامه­هاي توسعه كشور.

3.شناسايي قابليت­ها و نيازمندي­هاي توسعه صيد و صيادي، آبزي پروري و صنايع جانبي وابسته در مناطق مختلف كشور و در چارچوب قوانين و مقررات مربوطه.

4.انجام بررسي­هاي لازم در جهت توسعه و بهبود فعاليت­هاي شيلاتي كشور، شناسايي يافته­ها و فن آوري­هاي جديد و توسعه و تعميم آن­ها.

5.انجام تمهيدات لازم به­منظور ارتقاء و بهبود كيفيت و فرآوري و عرضه آبزيان.

6.ترغيب و حمايت از تشكيل تعاوني­ها، اتحاديه­ها، شركت­ها و تشكل­هاي مرتبط با صيد و پرورش آبزيان با رعايت قانون حفاظت و بهره­برداري ازمنابع آبزي و ساير مقررات مربوطه.

7.حمايت از فعاليت­هاي صيد و صيادي، آبزي پروري، عمل آوري و صادرات و واردات آبزيان از طريق تشويق و مشاركت بخش غيردولتي.

8.انجام تمهيدات لازم به­منظور ايجاد فرصت­هاي شغلي در جهت افزايش اشتغال و تأمين پروتئين مورد نياز كشور.

9.نظارت بر امور مربوط به واردات شناورها و آلات و ادوات صيادي و آبزي پروري در چارچوب قوانين و مقررات مربوطه.

10.نظارت، هدايت، امكان سنجي و بسترسازي لازم در زمينه مديريت آبزي پروري و صيادي، بهبود فعاليت­هاي مربوط به حمل و نقل، بازاريابي، خريد و فروش، عمل­آوري و بيمه فرآورده­هاي شيلاتي.

11.صدور مجوزهاي مرتبط با پرورش و برداشت آبزيان و فعاليت­هاي صيد و صيادي و عمل آوري آبزيان در آب­هاي حوزه فعاليت سازمان.

12.نظارت بر تأسيس، توسعه، نگهداري و مديريت بنادر صيادي با رعايت وظايف ساير ارگان­ها.

13.نظارت بر فعاليت­هاي مربوط به شناورهاي صيادي خارجي و شناورهاي صيادي داخلي در آب­هاي تحت حاكميت و صلاحيت جمهوري اسلامي ايران براساس قانون حفاظت و بهره برداري از منابع آبزي.

14.برنامه ريزي به منظور تكثير و حفاظت طبيعي آبزيان و بازسازي ذخاير و منابع آبزيان در آب­هاي حوزه فعاليت سازمان.

15.تعيين گونه­هاي، مناطق حساس شيلاتي و زمان­هاي ممنوعه صيد آبزيان در چارچوب طرح مديريت ذخاير آب­هاي حوزه فعاليت سازمان.

16.حفظ و حمايت از ذخاير آبزي و منابع ژنتيكي آبزيان در چارچوب برنامه­هاي زيست محيطي.

17.انجام اقدامات مؤثر و لازم به منظور حفاظت از منابع آبزيان در آب­هاي حوزه فعاليت سازمان با هماهنگي، همكاري و مشاركت نيروهاي انتظامي و مردمي.

18.برنامه­ريزي و هدايت سيستم جمع­آوري و پردازش آمار و اطلاعات صيد، اقتصاد صيد و بيومتري آبزيان در چارچوب اهداف مربوطه و تعيين روند صيد و الگوي بهره­برداري از ذخاير مختلف آبزيان.

19.برنامه­ريزي در جهت توسعه پايدار آبزي پروري و بهبود مديريت توليد و پرورش آبزيان در كشور.

20.تعيين ضوابط، معيارها و استانداردهاي فعاليت­هاي صيادي، آبزي­پروري، عمل­آوري و ساير فعاليت­هاي مرتبط با هماهنگي مراجع ذيربط.

21.انجام ساير وظايف و اختيارات حاكميتي كه به موجب قوانين و مقررات مربوطه به عهده سازمان محول شده است.